药房软件数据清理的方法如下：
清空数据库
可以通过直接删除数据库中的相关表来清理数据。但这种方法会同时删除所有营业数据，因此需谨慎操作。建议在执行此操作前备份重要数据。
使用盘点功能
如果软件中没有专门的删除功能，可以通过盘点功能对过期药品进行盘亏处理，然后再将实物药品妥善处理。这样可以避免直接删除所有数据带来的麻烦。
导出数据后删除
某些软件允许用户将数据导出为文件，然后手动删除或通过其他工具进行清理。可以查看软件是否有导出数据的功能，如果有，可以先导出数据，再进行删除操作。
联系软件开发商
如果以上方法都不适用，可以联系软件开发商咨询是否有其他更专业的数据清理方案。他们可能会提供更安全、更有效的数据清理服务。
在进行数据清理前，请务必备份重要数据，以防数据丢失。