软件申请费用的入账方式主要取决于费用的性质及其金额大小。以下是几种常见的入账方式：
计入“管理费用”或“财务费用”
申请软件著作权登记费用通常应计入“财务费用”或“管理费用”科目中。具体分类依据企业的会计制度及税务筹划合理确定。
通过邮局或银行汇付
软件著作权登记费可以通过邮局或银行汇付的方式交纳。
直接向中国版权保护中心交纳
申请人也可以直接向中国版权保护中心交纳软件著作权登记费。
计入“无形资产”
当委托软件企业开发软件的费用较高时，可以将其计入无形资产科目。具体会计分录为：借：无形资产，贷：银行存款等。
计入“固定资产”
若软件随同计算机一起购入，则计入固定资产价值。单独购入的，作为无形资产管理。
计入“研发费用”
软件开发企业的一般中间费用可以计入“管理费用--研发费用”。
建议
根据费用性质确定科目：首先需要判断软件申请费用的性质，若是与日常经营管理相关，则计入“管理费用”；若是与资产购置相关，则考虑计入“固定资产”或“无形资产”。
合法凭证：确保所有费用都有合法的凭证，如发票或银行转账记录，以便于会计处理和税务申报。
税务筹划：合理规划税务筹划，确保费用入账方式符合相关税法规定，避免税务风险。
通过以上方式，可以确保软件申请费用的准确入账，既符合财务会计准则，又能满足税务要求。