软件发票退税的操作流程如下：
申请软件著作权
在销售软件产品之前，需要为软件产品申请著作权。准备软件源程序代码、软件操作手册、委托办理文件以及营业执照复印件等材料。
进行软件增值税即征即退优惠登记备案
完成软件著作权申请后，企业应前往当地税务局进行增值税即征即退资格的登记备案，确保企业具备享受退税政策的资格。
签订业务合同
在销售软件产品时，务必签订详细的销售合同。合同中的软件产品名称必须与软件著作权证书上的名称完全一致。
开具软件发票
软件产品销售完成后，企业需开具增值税发票。发票上的软件产品名称也要与软件著作权登记证书上的名称一致。
增值税纳税申报
进入纳税申报阶段，企业需在电子税务局进行增值税的纳税申报。准确填写相关信息，确保申报无误。
电子税务局申请退税
完成增值税申报后，企业还需在电子税务局申请退税。按照系统提示操作，提交所需材料，等待审核通过后即可获得退税。
填写退税申报表
在《增值税即征即退申请审批表》中，准确录入基础信息，包括纳税人名称、识别号、软件产品名称、版本号等，并填列软件及硬件产品的销售额、进项税额等。
提交退税申请
在电子税务局提交退税申请，并等待后台工作人员审批。后续可以通过“办税进度及结果信息查询”查看审核进度。
认证发票
如果需要，企业还需对增值税专用发票进行认证。认证通过后，将认证结果打印出来留存，以备后续使用。
通过以上步骤，企业可以顺利完成软件发票的退税操作。建议在操作过程中，确保所有信息的准确性和完整性，以免影响退税进度和结果。