软件合同的费用结算方式通常包括以下几个步骤：
预付款
在合同签订后的一定时间内（例如七个工作日内），乙方需要支付甲方一定金额的预付款。
进度款
自项目实施之日起，每三个月为一个付款周期。每个付款周期结束后，甲方需提交进度报告，乙方根据进度报告支付相应比例的进度款。
验收款
项目正式验收合格后，乙方需支付剩余的款项。
使用费用
乙方按年向甲方支付计算机软件使用费，费用总额和支付时间由合同约定。
保证金
在合同签订当日，乙方可能需要支付一定金额的保证金，通常占总造价的一定比例。
尾款
在软件交付并验收合格后，乙方需支付尾款，尾款金额通常为合同总金额的一定比例。
维护费用
甲方在收取完开发费用后，会免费为乙方维护软件一段时间（例如一年）。之后，如果乙方需要继续维护，则需要支付有偿服务费用。
违约责任
若因一方原因导致项目延期或未按时完成，违约方需承担相应的违约责任，可能包括支付违约金。
争议解决
合同履行过程中如发生争议，双方应通过友好协商解决；若协商不成，可提交至合同签订地的人民法院提起诉讼。
其他费用
如双方协商确定，可能会有一些额外的费用，如调试费用、额外开发费用等，这些费用需经双方协商一致后按实际发生额结算。
建议在签订软件合同时，双方应详细列出所有费用条款，包括支付时间、金额、支付方式等，并在合同执行过程中严格按照约定进行费用结算，以避免后期纠纷。