财政部决算软件与决算通软件配合使用效果较好。决算通是一款可快速完成部门决算报表的简易工具，适用于全国的行政、事业、医院、学校等单位。其主要功能和优势包括：
操作简便：
用户只需填制一个简单的底稿（主要涉及收入和支出），软件即可自动生成整套决算报表，包括主表和附表。生成的报表数据可以直接写入财政部部门决算软件，无需复制粘贴，从而减轻手工操作的劳动量。
自动化程度高：
决算通能够自动生成报表，并且数据准确率高，能够一次性通过决算报表软件的逻辑检验，确保没有逻辑性错误。
账务逻辑检测：
决算通带有账务逻辑检测功能，可以帮助用户理解行政事业单位账务处理的设计原理，发现并纠正账务处理中的错误，提供账务处理的思路和逻辑。
适用性强：
决算通适用于各种复杂情况，如期初决算余额的调整、财政资金的收回、功能科目上下年度的修改、资金结余为负数、经营收入的填报、指标之间的调整、资金性质和项目类别的处理等，都能在决算通中轻松解决。
综上所述，决算通软件能够显著提高部门决算报表的编制效率和准确性，是财务人员的有力工具。如果用户需要编制部门决算报表，并且希望简化操作流程、提高数据准确性和账务处理的规范性，决算通是一个非常好的选择。