软件开发企业可以通过以下方式降低税负：
税收优惠政策
高新技术企业认定：企业若拥有核心自主知识产权，产品或服务属于《国家重点支持的高新技术领域》，且满足一定条件，如科技人员占比、研发费用占比等，可以申请高新技术企业资格，享受15%的企业所得税优惠税率。
软件企业认定：新创办的软件企业经认定后，自获利年度起，可享受“两免三减半”的企业所得税优惠政策，即前两年免征企业所得税，第三至五年减半征收企业所得税。
研发费用加计扣除：企业在计算应纳税所得额时，可以对研发费用进行额外扣除，具体比例根据政策而定，这有助于降低应纳税所得额。
即征即退政策：软件企业可以申请即征即退政策，对部分增值税进行退税，从而进一步降低税负。
优化企业架构
设立子公司或分公司：企业可以通过在不同地区设立子公司或分公司，利用各地的税收优惠政策，如某些地区对新设立的科技企业提供税收优惠。
跨国企业的税务优化：跨国企业可以通过在不同国家设立公司，利用各国的税收政策进行税务优化，例如将知识产权转移到税率较低的国家。
内部交易定价策略：企业可以通过内部交易定价策略，合理分配收入和成本，以达到税务优化的目的。
合理利用地方政策
地方财政扶持奖励政策：软件技术企业可以在税收优惠园区设立新公司分流业务，享受地方财政的税收奖励扶持，包括增值税和企业所得税的返还。
核定征收：在税收优惠园区设立个体户或个独企业，通过核定征收的方式，综合税率可低至2.5%左右。
优化内部成本结构
减少无效成本：企业应尽量减少无效成本的支出，提高效益，确保成本费用的真实性和合理性。
合理规划成本费用：企业应合理规划人力成本、研发费用、设备采购等成本费用，确保这些费用都能得到准确的核算和归集。
增值税策略
避免高低税率同时使用：软件企业在销售和服务过程中，应避免同时使用高低两档的增值税税率，以减少税负。
产业奖励扶持政策
注册在税收优惠园区：企业注册在税收优园区，可以享受地方政府的奖励扶持，包括增值税和企业所得税的返还。
通过以上方式，软件开发企业可以有效地降低税负，提高企业的经济效益。在实际操作中，企业应仔细研究相关税收政策，并结合自身情况制定合适的税务筹划方案。同时，企业应确保所有操作符合相关法律法规，避免因税务问题产生不必要的风险。