使用软件扣商标发票的步骤如下：
核对发票信息
确认发票代码、号码、开票日期、购买方名称、商品名称、数量、单价、金额等信息无误。
会计分录
在会计软件中，选择“无形资产”科目，并选择“商标”明细科目进行借记。
同时，在“银行存款”或“现金”科目进行贷记，金额与发票金额相同。
账务处理
如果金额不大，可以直接计入管理费用。
如果金额较大，则按照无形资产进行核算，并在摊销年限内进行摊销。
税务处理
根据税法规定，可能享受一定的税收优惠政策。
审计与审查
定期对商标注册费用进行审计和审查，确保账务处理的准确性。
请根据具体情况选择合适的会计处理方法，并确保遵守相关税法规定。