锦鲤消毒的方法主要有以下几种：
药浴
使用高锰酸钾溶液进行药浴，浓度为20ppm，将锦鲤放入水中浸泡2-3分钟。
也可以使用5%的食盐水进行药浴，时间5~10分钟。
泼洒
可以选择水溶性的抗生素，如青霉素、红霉素等，在锦鲤鱼缸或鱼池中进行均匀泼洒。
使用漂白粉（1ppm）和敌百虫（0.2ppm）进行水体消毒。
工具消毒
养鱼使用的工具，如抄网、水瓢、过滤器等，需要定期清洗、消毒、晾晒。最简单的方法是用开水烫一下，或在日光下曝晒。
环境消毒
对于鱼池或鱼缸，定期进行清洗和消毒，可以使用2ppm的高锰酸钾溶液浸泡5分钟左右，然后用清水洗净，并用清水长时间浸泡后才能使用。
切断传染途径
发现患有传染病的锦鲤要及时捞出，单独治疗，避免大规模的传染，原池也要进行消毒。病鱼使用过的工具均不可给健康鱼使用，以避免交叉感染。
建议定期对锦鲤及其养殖环境进行消毒，特别是在鱼病流行季节，以预防疾病的发生和传播。同时，注意改善养殖水体环境，提高锦鲤的抗病力。