软件系统出口备案的流程如下：
备案流程
提交软件基本信息、功能介绍等材料至当地商务部门或行业组织进行备案登记。
审核流程
商务部门或行业组织对提交的软件进行审核，包括技术评估、内容审查等。
许可申请
审核通过后，需向相关部门提出出口许可申请，确保软件出口符合国际及目标国家的法规要求。
海关备案
在进行交易前，需进行海关备案，以确保合法合规。具体步骤包括准备相关材料（如软件著作权证书、企业营业执照、出口合同等），提交备案申请（在海关网站或相关平台进行在线提交），审核过程（海关对提交的材料进行审核，确认无误后予以备案），以及获得备案号（备案成功后，将获得一个唯一的备案号，用于后续出口操作）。
退税备案 （如适用）：
出口方将其出口软件报关时，在相关企业中心（国家税务总局）登记备案的过程。具体步骤包括准备备案材料（如《申报书》、《原产地证明书》、出口软件的发货单或发票、出口合同和进口商的营业执照原件及复印件等），填写申报书，递交备案材料至企业中心，企业中心审核备案材料并正式备案出口软件出口退税，并出具《出口软件出口退税备案表》。
其他相关手续
根据《对外贸易法》和《中华人民共和国技术进出口管理条例》，从事货物进出口或者技术进出口的对外贸易经营者，应当向国务院对外贸易主管部门或者其委托的机构办理备案登记。
建议在软件出口前，详细了解并遵循目标国家的相关法律法规，确保备案和出口过程的顺利进行。同时，考虑寻求专业指导，以确保备案材料的真实性和完整性，提高备案成功率。