软件企业申请免税的步骤如下：
确定是否符合免税资格
企业需要先确认自身是否符合相关的免税资格。通常，政府会对高科技企业、初创企业和有显著研发投入的企业提供税收优惠政策。
需要满足的条件包括企业类型（如中小型企业、高新技术企业或初创企业）、业务性质（主要是软件开发或相关的技术研发）和研发投入比例等。
准备必要文件
企业营业执照和相关资质证明，用于证明企业的合法性和业务范围。
研发项目计划书，详细说明企业的研发项目，包括项目背景、技术路线、项目成员和预期成果等。
研发费用明细，提供详细的研发费用支出明细，包括人员工资、设备购买、材料费用等。
申请软件企业认定
企业必须首先获得相关部门的认定，才能享受税收优惠政策。认定过程中需要提交企业营业执照、研发费用明细、软件产品登记证书等材料，经过审查后，企业才能被正式认定为软件企业。
备案登记
获得软件企业认定证书后，企业需进行备案登记，将企业的相关信息和材料提交到当地税务机关进行备案，以便税务机关对企业的税收优惠申请进行管理和监督。
享受税收优惠
软件企业在销售软件产品时，可以享受增值税即征即退政策，同时，所退税款由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产并单独进行核算，可作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。
软件企业自获利年度起，享受两免三减半的企业所得税优惠。
其他相关步骤
申请软件著作权，这是享受软件增值税退税的基础。企业在销售软件产品之前，必须为软件产品申请著作权，并获得软件著作权登记证书。
在销售软件产品时，企业需签订详细的销售合同，并在合同中注明软件产品的名称需与软件著作权证书上的名称一致，以确保退税申请顺利进行。
建议企业在申请免税时，详细准备所有必要的文件和证明材料，并严格按照相关流程进行操作，以确保免税申请的顺利进行和成功。