在面临企业软件侵权时，可以采取以下方法进行举证：
技术取证
软件指纹分析：通过提取软件的特定特征码或指纹，与正版软件的特征码进行比对，以识别是否存在未经授权的副本。
系统日志审查：检查系统日志文件，分析软件的安装、运行和使用记录，确定软件是否被非法安装或使用。
注册表检查：在Windows操作系统中，通过检查注册表项，发现未经授权的软件安装和配置信息。
内存镜像分析：分析计算机的内存镜像，实时捕捉软件运行状态。
网络流量分析：监控网络流量，分析数据包中的软件通信特征，确定是否存在未经授权的软件进行网络通信。
软件使用行为分析：监测软件的使用模式和行为，如启动时间、使用时长等，与正常使用模式进行对比，识别异常行为。
第三方审计工具：使用具备自动化检测和报告功能的第三方软件审计工具，快速识别未经授权的软件使用情况。
法律取证
自行取证和委托律师调查取证：由于知识产权案件专业性较强，建议由权利人自行取证或委托律师调查取证，以准确掌握取证方向和范围。
申请公证机关进行证据保全：公证机关的法定业务之一是保全证据，其效果与法院依职权所进行的保全相等。在诉前，当事人可以利用公证机关收集、保全证据，为诉前准备的有效措施。
申请法院进行诉前证据保全：在诉讼前，可以向法院申请证据保全，以确保关键证据不被破坏或丢失。
申请人民法院调取证据：在诉讼过程中，可以向法院申请调取相关证据，以支持自己的主张。
其他辅助证据
原告软件的有效存在：提供软件的目标程序和源程序、软件文档、出版证据、转让或继承证书、软件登记证书等，以证明原告对软件享有著作权。
侵权行为的真实事实：提供侵权软件与被侵权软件的比较、销售发票、提单、宣传材料等间接证据，形成完整的证据链，排除其他可能性。
经济损失：提供因被告侵权而遭受的经济损失的证据，如财务审计报告等。
配合证据保全机构
提供相关信息和资料：在证据保全机构进行取证时，积极配合提供被侵权软件的相关信息和侵权行为的线索，以便机构能够准确地进行取证。
保存和管理证据
妥善保存证据：将证据存储在安全的地方，如加密的硬盘、云存储等，防止证据被丢失或损坏。
通过以上方法，企业可以有效地进行软件侵权的举证，以维护自身合法权益。建议在实际操作中，结合具体情况选择合适的取证方法，并在必要时寻求专业律师的帮助。