软件保护自己专利的方法主要包括以下几个方面：
明确专利类型
软件类专利通常可以申请发明专利或系统专利。申请时应明确专利类型，并确保申请文件充分且准确地描述软件的创新点和技术特征。
充分描述技术方案
在撰写专利申请文件时，需注意清晰界定技术方案的范围，突出其新颖性、创造性和实用性。同时，要进行充分的现有技术检索，以避免与已有专利冲突。
获得专利后密切关注市场
获得专利授权后，要密切关注市场动态，对可能的侵权行为进行监测。一旦发现侵权，及时收集证据，并通过法律途径维护自身权益，如提起诉讼或申请禁令。
使用许可协议
通过使用许可协议，明确规定软件的使用范围、限制和授权条件，确保用户在合法范围内使用软件，同时限制未经授权的复制和分发。
版权声明和加密措施
在软件中包含版权声明，明确标注软件的版权归属和保护信息。同时，对软件进行加密处理，以防止未经授权的修改和复制。
监测和维权
定期进行软件侵权监测，及时发现和处理侵权行为。如果发现侵权行为，可以采取法律手段维护自己的权益，包括发出警告函、提起诉讼等。
团队管理和保密协议
对于软件开发团队，建立严格的管理制度和保密协议，明确员工的责任和义务，保护软件的知识产权。
明确软件专利的保护客体
申请软件专利前，要明确软件所解决的问题是否具有技术性质，是否涉及数据处理、算法改进、系统性能优化等技术领域的创新。单纯的计算机程序代码本身可能难以获得专利保护，但如果该软件与特定的技术硬件相结合，实现了新的技术功能或产生了技术效果，则可能符合专利保护的要求。
协商与和解
专利权人和被控侵权人均可自行协商或在其他第三方的调解、斡旋下达成和解协议，解决纠纷。
行政裁决或协调
专利权人在侵权人侵权事实和证据充分确凿的情况下，可向专利局等有关行政部门举报，由其采取行政措施，对侵权人的侵权行为进行调查核实后作出行政处罚。
向法院起诉
专利权人在发现侵权人侵犯其专利权后，可以向侵权行为地、被告所在地等相关人民法院提起民事诉讼，要求停止侵权行为及赔偿经济损失。
通过以上措施，软件可以在多个层面获得保护，从而有效防止他人侵权并维护自身权益。