软件企业证书的办理流程如下：
注册与填报资料
企业首先需要在软件行业协会网站上进行用户名注册，填写公司名称、地址、组织机构代码、电话、联系人等信息。
注册信息将在1-2天内进行审核，审核通过后，企业可以进行软件企业认定申请表的网上填报，并上传相关模板表格，如软件收入清单和大专人员名单等。
等待审核与预约交材料
软件行业协会在2-3天内对申报企业的申请进行审核，如果数据无误，审核通过。审核通过后，企业需要在网上预约交材料的时间。
未进行预约的材料，审查人员将不予受理。
提交材料与初审
企业需要按照预约时间提交所有相关材料，包括企业法人营业执照复印件、软件著作权登记证书、软件产品测试报告、企业所得税纳税证明等。
当地软件行业协会会对提交的材料进行审核，确定企业是否符合双软企业认定的条件。
发证
如果企业符合认定条件，软件行业协会将颁发双软企业证书。证书的有效期一般为软件产品5年，软件企业1年。
建议
提前准备材料：确保所有必需的材料都准备齐全，并按照要求格式整理好。
注意审核细节：在填报和提交材料时，务必仔细核对各项信息，确保无误。
及时预约：在审核通过后，及时在网上预约交材料的时间，以确保材料能够按时提交。
咨询与沟通：如果在办理过程中遇到问题，可以及时联系当地软件行业协会或通过其提供的联系方式进行咨询。