在封装系统时保留软件，可以通过以下几种方法：
创建系统映像
创建一个包含操作系统、已安装软件和用户文件的完整副本。这样，无论系统发生何种故障，都可以将其恢复到之前创建映像时的状态。在Windows系统中，可以通过控制面板中的“备份和还原（Windows 7）”或“备份和还原（Windows 8/10）”来创建系统映像。
备份个人文件和应用程序
备份个人文件，包括文档、图片、视频和其他用户生成的数据。
备份应用程序，包括安装文件、设置和数据。可以使用第三方备份软件，如“PickMeApp”，或者手动备份到外部存储设备或云存储服务中。
使用虚拟光驱软件
使用虚拟光驱软件（如Daemon Tools）将安装有应用程序的光盘镜像挂载到虚拟光驱中，然后直接运行镜像中的可执行文件，这样可以在不安装应用程序的情况下保留软件功能。
复制安装文件夹
在重装系统前，将软件的安装文件夹复制到其他磁盘（如C盘以外的其他盘符）。在重装系统后，再将软件的安装文件夹放回原来的位置，并备份注册表，以便在需要时恢复。
使用系统备份功能
利用操作系统自带的备份功能（如Windows 7的“文件历史记录”）或第三方备份软件，定期备份系统和应用程序的数据，确保数据安全。
创建快捷方式
在桌面或开始菜单中创建应用程序的快捷方式，这样即使系统重装后，也可以通过快捷方式快速启动应用程序。
通过以上方法，可以在封装系统时有效地保留软件，确保在系统重装或故障恢复后能够迅速恢复到之前的工作状态。