软件企业申请认证的流程如下：
注册
企业需要在软件行业协会网站上进行用户名注册，填写公司名称、地址、组织机构代码、电话、联系人等信息。
注册审核
软件行业协会会在1-2天内对注册信息进行审核，审核通过后，企业可以进行下一步的申报工作。
填报申请表及相关材料
注册审核通过后，企业需要在网上填报《软件企业认定申请表》，并上传相关模板表格，如软件收入清单和大专人员名单等。
等待审核
软件行业协会对申报企业的申请进行审核，通常在2-3天内完成。如果填报数据无误，则审核通过；如果数据存在问题，则要求企业修改。
预约交材料
审核通过后，企业需要在网上预约提交材料的时间。未进行预约的材料，审查人员将不予受理。
初审通过，等待发证
在预约的时间递交材料后，审查人员审核通过的，将发放受理通知单。企业可以在通知单上注明的时间在网上查看，确认上报通过后，可以领取软件企业证书。
此外，企业还需要提交以下材料：
《软件企业认定申请书》
企业法人营业执照副本、税务登记证复印件
企业开发及经营的软件产品列表，以及企业主营业务中拥有软件著作权或专利等自主知识产权的有效证明材料
企业拥有的《软件产品登记证书》或《计算机信息系统集成企业资质证书》，以及与用户签订的信息技术服务合同等信息技术服务相关证明材料
企业职工人数、学历结构、研究开发人员数及其占企业职工总数的比例说明，以及企业职工劳动合同和社会保险缴纳证明等相关证明材料
经具有国家法定资质的中介机构鉴证的企业上一年度和当年度财务报表，以及企业软件产品开发销售收入、企业软件产品自主开发销售收入、企业研究开发费用、境内研究开发费用等情况表并附研究开发活动说明材料
建议企业在申请过程中确保所有材料的真实性和完整性，并按照规定的流程进行操作，以提高认证的成功率。