软件配置文档的存储方式有以下几种：
INI文件
INI文件是一种简单的配置文件格式，它使用键值对的方式存储数据。
系统提供了一些函数来读取和写入INI文件中的数据，因此使用起来比较方便。
注册表
注册表是Windows操作系统中用于存储系统和应用程序配置信息的一种方式。
通过使用注册表，可以方便地保存和读取配置信息，但重装系统会导致信息丢失。
文本文件
文本文件可以自行组织规律来存储配置信息，但没有系统函数直接辅助读取节点值，因此使用起来会稍微麻烦一些。
XML文件
XML文件可以使用C/C++中的微软支持来存储配置信息，性质上与INI文件类似，但具体实现可能有所不同。
DAT文件
DAT文件通常用于存储数据，但具体存储方式和使用场景较少见，可能需要根据具体需求来决定是否使用。
建议
选择合适的存储方式：根据应用的需求和安全性要求选择合适的存储方式。如果配置信息需要频繁修改且安全性要求不高，可以考虑使用INI文件或文本文件。如果配置信息较为复杂且需要跨系统使用，可以考虑使用注册表或XML文件。
加密保护：为了防止用户恶意修改配置文件，可以对配置文件进行加密处理。简单的加密方法如前后互换字符，确保加密和解密过程一一对应即可。
数据备份：无论采用何种存储方式，都应定期备份配置文件，以防数据丢失。
通过以上方法，可以有效地存储和管理软件配置文档，确保数据的完整性和安全性。