定制软件保留版权的方法主要包括以下几点：
注册专利
对于具有创新性和实用性的软件创意，应及时申请专利，以确保其受到法律保护。
加密措施
对软件源代码进行加密处理，防止他人轻易获取。同时，定期更新加密方式以应对黑客攻击。
合同约束
在软件开发过程中，与其他公司或个人合作时，应签订明确的合同，规定双方的权利和义务，特别是知识产权的归属和分配，以避免后期纠纷。
选择可靠的软件开发方式
封闭源代码：将源代码封闭起来，只向特定用户提供访问权限，防止他人获取并盗用。
代码混淆：通过混淆代码，使代码难以被理解和修改，增加他人盗用软件的难度。
使用授权协议：在软件开发过程中，可以使用一些授权协议（如GPL、LGPL等）来限制他人使用和修改软件的权限。
建立完善的知识产权管理制度
建立专门的知识产权管理团队：配备专门的团队来监测和管理软件版权问题。
定期进行知识产权审查：定期对软件进行知识产权审查，及时发现并处理可能的版权侵犯行为。
建立知识产权信息管理系统：通过建立知识产权信息管理系统，更好地管理和维护知识产权信息。
加强保密措施
与员工签订保密协议，使用加密技术，确保商业机密和核心技术不被泄露。
通过以上方法，可以有效地保护定制软件的版权，防止他人侵权和盗用。