在约定软件升级费用时，应考虑以下几个方面：
费用金额
明确软件升级的具体费用金额，包括大写和小写形式。
付款时间
规定甲方在合同签订后多少个工作日内支付软件升级费用。
明确乙方在收到费用后多少个工作日内开具正规发票。
违约责任
规定因乙方原因导致升级失败或不能满足需求时，乙方应承担重新升级的费用及违约金。
规定因甲方原因导致升级工作无法进行时，甲方应支付乙方因此产生的额外费用。
规定双方未按约定时间支付或完成升级服务的违约金计算方式。
付款方式
明确甲方支付服务费用的方式，如一次性支付、分期支付等。
发票和税务
乙方应提供合法的税务发票，发票金额与约定费用一致。
保密条款
双方应保守商业秘密和技术秘密，保密期限自合同签订之日起至合同终止或履行完毕之日止。
其他条款
规定升级后的软件应不侵犯任何第三方的知识产权。
明确软件升级服务的完成时间不得超过多少个工作日。
通过以上条款，可以确保软件升级费用的约定明确、合理，并且双方的权利和义务得到清晰界定，从而减少后续纠纷。建议在签订合同时，双方充分沟通，确保所有细节都得到妥善处理。