软件系统的报废流程通常包括以下几个步骤：
申请
使用科室负责人填写《软件报废申请表》，说明报废原因和意见，经分管院领导同意后报信息科。
论证
信息科组织信息工程技术专业人员、财务科、使用科室三方对申请报废的软件进行论证，确定是否符合报废标准。根据软件单价的不同，组织不同数量的专业人员进行鉴定，其中至少包括一定数量的副高及以上职称人员。
公示
拟报废软件面向全院在内网公示一周，以确保透明度和知情权。
审批
经论证和公示符合报废标准的软件，由信息科报分管领导同意后，送医院行政领导班子会议和医院党委会审批。
处理
审批通过后，由信息科负责组织对报废软件进行清理、卸载、存储和处理，并报财务科进行医院无形资产下账。
归档
报废软件的申请、论证、公示、审批和处理过程必须进行归档保存，以备后续查验。
在报废过程中，还需要注意以下几点：
数据清理：报废软件必须进行彻底的清理，确保科室业务电脑不含有任何敏感信息和个人数据。
法规遵循：报废软件存储和处理必须符合相关法规和规定，确保不造成环境污染和资源浪费。
记录保存：报废软件处理前必须进行登记和记录，确保可追溯性。
对于ERP系统中的软件报废，具体步骤可能包括：
1. 登录ERP系统。
2. 进入资产管理模块。
3. 填写报废申请表。
4. 提交审批。
建议在报废软件系统之前，先进行全面的评估，制定详细的报废计划，并通知相关部门，以确保资产交接和处理工作的顺利进行。同时，对重要数据进行备份，确保数据安全，并考虑将相关数据迁移到新的软件系统中。