软件著作权登记可以通过以下步骤进行合法登记：
准备申请材料
填写完整的软件著作权登记申请表。
提供软件的鉴别材料，包括源程序和文档的连续部分。
提交申请人的身份证明和相关证明文件，如自然人身份证、法人营业执照等。
如果存在著作权归属的书面合同或项目任务书，也应一并提交。
对于在原有软件基础上开发的软件，还需提供原著作权人的许可证明。
如果申请人是权利继承人、受让人或承受人，还需提交相应的权利证明文件。
选择申请方式
申请人可以自己办理计算机软件著作权登记，也可以委托代理机构办理登记。
提交申请文件
将所提交的申请文件留存一份，便于在补正程序中保持文件内容的一致。
办理软件著作权转让或专有合同登记可到登记大厅现场办理，也可使用挂号信函或特快专递邮寄到中国版权保护中心软件登记部。
申请文件都应当按规定签章，签章应当与申请表中填写的姓名或者名称完全一致。
审查和领证
提交申请文件后，版权机构进行形式审查和实质审查，确认资料是否齐全且符合规定格式，并审核软件产品的技术内容、功能特性、版权状况等。
初审期限为5个工作日，自收到申请人的全部表格材料之日起计算。
初审通过后，进入版权中心复审阶段，复审时间约为31-35个工作日，之后会公告发证。
公告后发放证书，申请人收到证书后扫描给确认。
确认付款
申请人确认后支付全部费用，财务核实后会快递证书原件和全额发票。
通过以上步骤，软件著作权可以得到合法保护，并且登记过程透明、规范。建议选择专业的代理机构协助办理，以确保流程顺利进行并节省时间。