在R中制作发育树，可以使用多个包，具体步骤如下：
使用`TreeAndLeaf`包
安装和加载必要的包
```R
install.packages（c（"TreeAndLeaf", "RedeR", "igraph", "RColorBrewer"））
library（TreeAndLeaf）
library（RedeR）
library（igraph）
library（RColorBrewer）
```
加载数据集
```R
df <- USArrests
head（df）
dim（df）
```
构建层次聚类对象并查看进化树
```R
hc <- hclust（dist（df）, method = "ave"）
plot（hc, main = "Dendrogram for the 'USArrests' dataset", xlab = "", sub = ""）
```
将层次聚类对象转换为tree-and-leaf对象
```R
tal <- treeAndLeaf（hc）
```
将属性映射到tree和leaf对象（添加外部注释）
```R
tal2 <- att.mapv（g = tal）
```
使用`ggtree`包
安装和加载必要的包
```R
install.packages（"ggtree"）
install.packages（"treeio"）
install.packages（"ggplot2"）
library（ggtree）
library（treeio）
library（ggplot2）
```
加载数据集
```R
tree <- read.tree（"data/k"）
```
绘制水平系统发育树
```R
p <- ggtree（tree）
p
```
在树的右侧添加热图、点图和柱状图
```R
p + geom_heatmap（aes（fill = value）, show_legend = FALSE） +
geom_point（aes（x = name, y = value）, color = "red"） +
geom_col（aes（x = name, y = value）, fill = "blue"）
```
使用`tidytree`包
安装和加载必要的包
```R
install.packages（"tidytree"）
install.packages（"ggplot2"）
library（tidytree）
library（ggplot2）
```
读取树形结构文件（Newick格式）
```R
tree <- read.tree（"data/k"）
```
绘制系统发育树
```R
p <- ttree（tree）
p + geom_tree（size = 1）
```
使用`geiger`包
安装和加载必要的包
```R
install.packages（"geiger"）
install.packages（"ggplot2"）
library（geiger）
library（ggplot2）
```
导入树和数据并绘制树
```R
mammals <- read.table（"final_compilation_with_percentage_values.R1.csv", header = TRUE, sep = ","）
plot（mammals）
```
总结
以上是使用不同R包制作发育树的步骤。根据具体需求和数据类型，可以选择合适的包和方法来绘制系统发育树。`ggtree`和`tidytree`等包提供了丰富的自定义选项，可以满足不同场景下的需求。