在软件公司盗版取证的过程中，可以采取以下几种方法：
著作权管理部门举报与法院调查
软件的著作权人可以向著作权管理部门举报公司盗版著作权，让管理部门进行查处并收集证据。
著作权人还可以向法院申请调查，对相关证据进行保全。
公证取证
权利人与公证机关工作人员一同以购买者身份购买盗版软件，并对所购软件进行封存，同时公证整个购买过程。这种方式在民事侵权诉讼中具有较高的证明力。
行政执法手段
在公证机关工作人员无法进入的侵权地点，可以通过版权局对侵权地进行查处，对于行政执法机构已经认定的侵权行为，在没有相反证据的情况下，法院会直接认定。
申请法院进行证据保全
著作权人可以向法院申请证据保全，但一般需要提供侵权存在的初步资料，否则法院一般不会采纳申请。
技术取证
利用专业软件分析工具对涉嫌侵权的计算机系统进行深入分析，以确定是否存在未经授权的软件使用。这包括软件指纹分析、系统日志审查、注册表检查、内存镜像分析和网络流量分析等。
销售、传播盗版软件的取证
获得侵权者所销售或传播的软件源代码（安装包），通过线下公证取证或线上录屏取证，确保司法诉讼时未被篡改。
使用盗版软件的取证
对于盗版软件使用的案件，可以通过向法院申请证据保全或行政投诉现场执法取证，以及公证或录屏取证等方式进行。
在进行取证时，应确保遵循相关法律法规，避免侵犯用户的隐私权和数据保护法规，并且取证过程中收集的数据应妥善保管，以备法律诉讼时使用。