部门软件版本管理可以通过以下步骤进行：
选择版本管理工具
TFS2010和 SVN是部门允许使用的版本管理工具。
Git是目前最流行的版本控制工具之一，具有分布式版本控制的特点，适合团队协作开发。
SVN是另一种常用的版本控制工具，采用集中式版本控制的方式，操作简单，支持多人协作开发。
版本标识
版本号应按照主版本号.次版本号.修订号的格式进行管理，例如：1.0.0。
主版本号表示软件的重大更新或改版，次版本号表示软件的次要更新或升级，修订号表示软件的修复漏洞或错误的补丁。
软件代码的存储与修改控制
使用版本控制系统（如Git）来追踪和管理代码的变更历史，记录每一次代码的修改，包括添加、删除和修改的文件，以及对应的提交信息。
制定分支策略，例如为开发分支、测试分支和发布分支分别创建独立的存储库，以便更好地隔离不同阶段的工作。
制定合并策略，确保不同分支之间的代码合并过程既安全又高效，可以采用自动化工具来辅助完成代码审查和合并操作。
软件代码的备份制度
备份软件代码，确保在发生问题时能够迅速恢复。
每个项目都应当有自己独立的版本日志文件，记录项目版本演进的历史，包括序号、版本号、提交时间、作者、新增功能、修复bug列表和依赖模块信息。
版本管理流程
包括版本变更申请、版本审批、试运行、上线发布、版本升级和版本维护等环节。
版本变更申请应当包括版本变更的原因、影响范围、变更内容、变更方案和实施计划等信息，并经过业务支撑部门审核后提交归口管理部门审批。
版本审批应当包括版本变更申请的审批、资料审核和上线测试等环节，由归口管理部门负责组织实施。
上线发布应当由归口管理部门负责组织实施，同时通过版本预警体系发布软件版本缺陷信息和版本预警信息。
工具与日志
除了版本控制工具外，还可以使用代码备份软件（如SVN）和代码对比软件（如Beyond Compare）。
版本日志文件应当存放在项目根目录的`./doc`子目录，记录每个项目版本演进的历史。
通过以上步骤，部门可以有效地管理其软件版本，确保代码的安全、可靠和可追溯性，同时提高开发效率和团队协作能力。