木马软件运行程序的方式主要有以下几种：
直接双击运行
如果木马程序已经制作完成，用户可以直接双击运行它。
通过注册表自动运行
木马可以通过修改注册表中的`autorun.inf`文件或相关键值来实现自动运行。例如，在`HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`中添加键值，这样每次系统启动时木马都会自动运行。
通过启动组和非启动组
木马可以安装到系统的启动组或非启动组中，从而在系统启动时自动运行。具体操作包括在注册表的`HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`和`HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`中添加启动命令。
通过系统配置实用程序
用户可以通过“系统配置实用程序”（在“开始”菜单中执行“Msconfig”）来查看和管理系统的启动项和服务，从而找到并禁用或删除木马的启动项。
通过组策略
更高级的木马可能会注册为系统的“服务”程序，用户可以通过“组策略编辑器”（执行“gpedit.msc”）来查看和管理这些服务。
通过脚本文件
木马可以隐藏在`Autoexec.bat`、`Config.sys`或其他脚本文件中，这些文件在系统启动时会被执行，从而启动木马。
通过PHP代码执行
对于PHP木马，可以通过`eval`函数或`assert`函数来动态执行恶意代码，这些代码可以从URL中传入。
建议
安全性：用户应保持操作系统和安全软件的更新，定期检查系统启动项和服务，避免执行未知来源的程序。
监控：使用系统监控工具来检测异常进程和启动项，及时发现并清除潜在的木马程序。
备份：定期备份重要数据，以防木马程序破坏或加密文件导致数据丢失。