在《尼尔：机械纪元》中，有以下几种方法可以保存游戏进度：
在地图内存档
在游戏中寻找特定的机械装置，第一次经过时，周围的小怪会被打掉，从而解锁地图保存点。
使用菜单保存
按下键盘上的Esc键，会显示菜单栏，在菜单栏里选择“快速保存”。这种保存方式有一个条件限制，必须位于保存点范围之内，通常是在大的红圈之内。
装备可存档显示技能
在技能栏里装备“可存档显示”技能，这样可以在小地图中看到哪里有存档点。
通过序章后保存
玩家必须先通过游戏的序章，然后回到基地见到司令，开始执行任务后才可以进行存档。
使用数据上传机器
进入游戏的基地，寻找数据上传机器，并在弹出的连接点中选择“快速保存游戏”。
建议玩家在开始游戏前确认好存档方式，以便在需要时能够快速保存游戏进度。