在小说《无根攻略》中，主要角色萧美人和阮宝玉的最终命运并没有明确说明。以下是相关信息的整理：
侯爷的结局
侯爷最终没有原谅阮宝玉，但他依然不后悔，并死在了宝公子的墓边。
阮宝玉的结局
小说中并没有直接描述阮宝玉的死亡，但提到了他死后帛锦的行为和命运。
帛锦的结局
帛锦在阮宝玉死后，追随他的信仰，成为东厂大太监，替皇帝萧彻杀了很多皇帝想杀又不敢杀的人，最终被三千刀凌迟而死。在临死前，帛锦还看到了阮宝玉的虚影，并表示已经还清了阮宝玉所欠的一切。
综上所述，小说《无根攻略》中并没有明确描述阮宝玉的死亡原因，只是提到了他死后帛锦的行为和命运。因此，无法准确回答“无根攻略怎么死了”这个问题。