申请人以不正当手段取得机动车驾驶证的，根据《机动车驾驶证申领和使用规定》的相关条款，将会面临以下处罚：
撤销机动车驾驶许可：
公安机关交通管理部门将收缴该机动车驾驶证，并撤销其机动车驾驶许可。
罚款：
申请人将被处以二千元以下罚款。
三年内不得再次申领机动车驾驶证：
无论通过何种不正当手段取得驾驶证，申请人在三年内都不得再次申领机动车驾驶证。
此外，如果该行为涉及欺骗、贿赂等违法行为，还可能触犯刑法，需要依法追究其刑事责任。
综上所述，申请人以不正当手段取得机动车驾驶证的后果非常严重，不仅会面临行政处罚，还会在一定时间内失去驾驶资格。因此，建议所有申请人都要遵守相关法律法规，诚信申请驾驶证，以确保自身和他人的安全。