社会主义初级阶段的两层含义如下：
社会性质：
我国已经是社会主义社会。这意味着我们必须坚持社会主义，不能离开社会主义。
发展程度：
我国的社会主义社会还处在初级阶段。这表明我们必须正视这个阶段，不能超越这个阶段。
具体来说，社会主义初级阶段不是泛指任何国家进入社会主义都会经历的起始阶段，而是特指我国在生产力落后、商品经济不发达条件下建设社会主义必然要经历的特定历史阶段，即从1956年社会主义改造基本完成到21世纪中叶社会主义现代化基本实现的整个历史阶段。
因此，社会主义初级阶段的两层含义既相互区别又紧密联系，构成了一个具有特定内涵的新概念。前一层含义阐明的是初级阶段的社会性质，后一层含义则阐明了我国现实中社会主义社会的发展程度。只有把社会主义社会的性质同它的发展程度有机地统一起来，才能深刻理解和把握我国的基本国情。