小智和莎莉娜在神奇宝贝动画中是一对备受粉丝喜爱的角色。关于他们的结局，有多个版本和解读，但较为普遍的观点认为他们在平行时空20年后终于幸福地在一起了。
具体来说，小智成为神奇宝贝冠军后，回到了他出生的地方，在那里遇到了已经长大的莎莉娜。莎莉娜在平行时空中的成长和变化也让她更加成熟和有魅力，最终她向小智告白，并且两人幸福地走到了一起。
此外，虽然有些粉丝创作了小智和瑟妹（瑟蕾娜）在一起的同人插画，但官方并没有明确表示他们两个会走到一起。因此，从官方给出的信息来看，小智和莎莉娜的结局是明确且幸福的。
综上所述，小智和莎莉娜在神奇宝贝动画中的结局是 幸福地在一起。