农村合作医疗和社保的主要区别体现在以下几个方面：
参保对象不同
农村合作医疗：主要针对农民群体，且必须以家庭为单位整户参加。它是由国家实施的政策，目的是解决农民“因病致贫、因病返贫”的问题，并保障农民的基本卫生服务。
社保：主要针对有正式工作的职工，包括城镇职工基本医疗保险。社保的缴纳需要职工和公司共同承担，是强制性的，旨在补偿劳动者因疾病风险遭受的经济损失，并涵盖了养老保险、工伤保险、失业保险和生育保险等多个方面。
缴费方式不同
农村合作医疗：农民自愿参加，每年需要一次性支付当年所有保费，缴费标准各地有所不同，通常集中在每年的11月至12月。基金筹集方式包括个人缴费、集体扶持和政府资助。
社保：由用人单位和职工共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。社保具有强制性，是职工基本权益的保障。
待遇不同
农村合作医疗：主要针对医疗费用进行报销，不同级别的医疗机构补助费用不同，且报销比例相对较低。基金筹措有限，保障力度较低。
社保：不仅包含医疗保险，还涵盖养老保险、工伤保险、失业保险和生育保险等多个方面，为职工提供更为全面的保障。医疗保险的报销比例较高，例如城镇职工医保政策范围内住院费用报销比例达80%以上，而城镇居民医保和新农合分别为70%和75%左右。
系统管理不同
农村合作医疗：由卫生局管理，属于卫生系统业务。
社保：由社保系统管理，覆盖城镇所有单位和职工，参保人员完成缴费年限后可以终身享受相关待遇。
覆盖范围不同
农村合作医疗：仅覆盖农村户口的居民。
社保：覆盖具有非农业户籍的城镇居民以及在职职工。
综上所述，农村合作医疗和社保在参保对象、缴费方式、待遇、系统管理和覆盖范围等方面存在显著差异。建议根据个人身份和需求选择合适的保险类型，以确保获得适当的医疗保障。