林惊羽的结局是 没有和任何一个人在一起。尽管他资质过人，根骨奇佳，并且得到了万剑一的真传，但他最终并没有像其他青云弟子一样在玉清殿前与鬼王大军战斗，而是选择一个人安静地在青云后山祖师祠堂扫地，拜祭青云门列宗列祖。
林惊羽在故事中与金瓶儿相互爱慕，但由于正邪有别，金瓶儿被打成重伤生死未卜，因此他们最终没有在一起。此外，碧瑶误以为林惊羽是小时候救过自己的人，并对其展开追求，但林惊羽对碧瑶没有男女之情，始终不为所动。
尽管林惊羽的结局是孤独的，但他依然坚守着自己的道义和原则，成为了青云门的掌门，并在祖师祠堂中默默守护着青云门的列宗列祖。