招标代理公司备案流程如下：
进行立项批复或投资备案
提供公司营业执照、资质证书、法定代表人信息等必要文件。
政务办理中心审核
招标代理公司需将上报的相关信息提交至政务办理中心进行审核。
现场核验
政务办理中心会对招标代理公司进行必要的现场核验，确保所有信息真实有效。
信息保存与备案证明
核验无误后，相关信息会被保存，并打印备案证明。
在线平台备案
根据《企业投资项目核准和备案管理办法》，项目核准或备案应通过全国投资项目在线审批监管平台实行网上受理、办理、监管和服务。
准备备案资料
招标代理公司需要准备一系列资料，包括但不限于招标文件、招标公告、控制价报表、工程量清单、立项、核准控制评审函等，并根据公告发布要求进行备案。
建设局备案
将准备好的资料提交至建设局进行备案，并领取收讫通知书。
评标室预定
招标公告需在网上公示，同时在建设信息网上录入信息，并取得注册号。
相关主管部门平台登记备案
公司需在相关平台注册，进行企业、人员等相关信息登记备案，并接受相应主管部门和社会公众的监督检查。
签订委托协议
招标代理公司与招标人签订委托协议，并进行备案。
发布招标公告及报名
招标代理公司负责起草招标公告，并在交易中心报名处发布。
报建审批
将招标申请及相关资料提交至招标办进行备案，并领取报建审批表。
协助招标人进行招标策划及文件编制
招标代理公司协助招标人进行招标策划，编制招标文件，并在招标人确认后发出招标公告或投标邀请。
组织开标、评标及定标
招标代理公司负责组建评标委员会，组织开标、评标，并根据评标结果确定中标人，最后发出中标、落标通知书。
建议：
招标代理公司在进行备案时，应确保所有提交的材料真实、完整、有效，并按照相关法规和政策的要求进行操作。
与各相关主管部门保持良好沟通，确保备案流程顺利进行。