在土地增值税清算中，利息支出和其他开发费用的扣除方法如下：
利息支出
据实扣除：如果利息支出能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。
未用于项目开发的利息支出：存在借款未用于项目开发的利息支出时，利用闲置专项借款对外投资取得收益，其收益是否冲减利息支出。
全部使用自有资金：开发商全部使用自有资金，没有利息支出的，按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内（一般规定为10%）计算扣除，有无超比例计算。
多种借款方式：开发商既有向金融机构借款，又有向非金融机构和个人借款的，房地产开发费用的扣除是否叠加适用了两种房地产开发费用的计算方法。
其他开发费用
计算比例：其他房地产开发费用在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
无法分摊利息支出：不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按上述法规计算的金额之和的10%以内计算扣除。
建议
确保合规性：在实际操作中，企业应确保所有利息支出都有相应的金融机构证明，并且符合税法规定，以避免潜在的税务风险。
合理分摊费用：对于同时存在多种借款方式的房地产开发企业，应明确各类借款的用途，并确保开发费用的扣除符合相关法规，避免重复或错误扣除。
关注政策变化：由于税收政策可能会有所变动，企业应定期关注相关法规的更新，确保清算方法的合规性和有效性。