经济适用房是有房产证的。根据《经济适用住房管理办法》第三十条，经济适用住房购房人拥有有限产权，购买经济适用住房满5年，购房人上市转让经济适用住房的，应按照届时同地段普通商品住房与经济适用住房差价的一定比例向政府交纳土地收益等相关价款。
具体来说，经济适用房在购买初期是无法办理房屋所有产权证的，需要在5年之后才能够领取到房屋所有产权证。这是因为经济适用房需要在小区内全部购房者购房手续完备之后才能够统一办理。在办理完产权过户手续后，购买人所得到的就是普通商品房的产权证书，再次交易的时候，就无需交纳土地出让金了。
需要注意的是，经济适用房的房产证与普通商品房的房产证不同，其产权属性会注明为经济适用房，并且在转让、抵押等方面是有一定限制的，不能像普通商品房那样随意处理。