百菲酪水牛奶下架的原因主要有以下几点：
含钙量不合格：
在食品检查过程中，百菲酪水牛奶被检测出含钙量未达到国家标准，因此未通过认证。具体来说，2021年3月9日生产的产品中，钙含量标示值为240mg/份，而实际检出值仅为175mg/份，仅为产品标示值的72.9%。
未召回已销售产品：
已经销售出去的牛奶并未进行召回，这影响了消费者的权益，并导致产品下架。
加工制作质量问题：
在加工制作过程中，百菲酪水牛奶出现了质量问题，未能达到国家的检验标准。
原辅料问题：
产品钙含量不达标的原因可能是原辅料用食品营养强化剂不满足质量规格要求，或者生产加工过程中搅拌不均匀等。
复检结果合格：
尽管初检结果不合格，但百菲乳业在其官微称，对涉事批次的召回产品和公司留样产品进行了复检，结果均为合格。
召回及赔偿：
百菲乳业在知悉相关事件后启动了三级召回，并承诺消费者可以通过相关渠道进行退款和赔偿。
综上所述，百菲酪水牛奶下架的主要原因是其产品含钙量不合格，且未召回已销售的产品，导致消费者权益受损。