显微镜可以根据其显微原理和研究对象或方式进行多种分类，主要包括以下几类：
光学显微镜
普通光学显微镜：使用可见光或透过样本的光来放大图像，广泛应用于生物学、药学、材料科学等领域。
荧光显微镜：通过特殊光源激发荧光物质发出荧光来观察样本，常用于生物学研究，如细胞内特定分子的标记和观察。
相差显微镜：通过改变光线相位来增强透明样本的对比度，常用于生物学研究。
透射显微镜：通过透射光观察样本，适用于观察透明或半透明物体。
偏振显微镜：利用材料的不同光透射特征生成图像，常用于地质学等理工科专业。
倒置显微镜：样本放置在显微镜下方，适用于观察活细胞和培养皿内的生物样本。
全内反射荧光显微镜：利用倏逝波照明标本表面附近的荧光，可实现分子级别的观察。
激光显微镜：通过激光扫描共焦显微镜等方式，可清晰地观察具有不同焦距的较厚样本。
电子显微镜
扫描电子显微镜（SEM）：使用电子束对样品表面进行高分辨率成像，适用于材料科学、地质学等领域。
透射电子显微镜（TEM）：通过电子束透射来观察样本内部的细节，如细胞超微结构和晶体。
原子力显微镜（AFM）：使用非接触的尖端扫描样本表面，可创建高分辨率的表面拓扑图像。
分子束激光显微镜（STED）：使用激光束压缩样本中的光点，获得高分辨率图像。
扫描隧道显微镜（STM）：通过电子隧道效应探测和成像样本表面上的原子和分子。
共振拉曼显微镜（Raman Microscope）：使用激光散射分析样本中的化学成分。
高压显微镜：在高压条件下观察样本，适用于地质学和材料科学。
数码显微镜
数码显微系统：使用相机和放大光学，能够将实时图像输出至显示器。
其他特殊类型显微镜
体视显微镜：又称“实体显微镜”或“立体显微镜”，能产生正立的三维空间影像，适用于观察物体表面形态和立体结构。
金相显微镜：专门用于观察金属和矿物等不透明物体的内部结构组织。
生物显微镜：用于观察生物切片、生物细胞、细菌以及活体组织培养等，广泛应用于医疗卫生、高等院校、研究所等领域。
这些分类方法帮助科学家和研究人员根据具体需求选择合适的显微镜类型，以获得最佳的观察效果和研究结果。