公司代缴个税的会计分录如下：
计提工资的会计分录
借：销售费用/管理费用/职工薪酬/工资总额
贷：应付职工薪酬/工资总额
发放工资时的会计分录
借：应付职工薪酬/工资总额
贷：应交税费——应交个人所得税
贷：银行存款
代缴个人所得税时的会计分录
借：应交税费——应交个人所得税
贷：银行存款
年末进行工资收入和个税支出的冲减后的会计分录（个人财务记账部分）：
借：应计收益、待缴个人所得税
贷：工资收入
这些分录确保了企业能够准确记录其对员工的负债，并在实际缴纳税款时进行正确的财务处理，从而保证财务报表的准确性和合规性。