软件编程服务开具发票的方式如下：
发票类型选择
增值税普通发票：适用于小规模纳税人，按3%的税率开具，适用于一般的软件编程服务。
增值税专用发票：适用于一般纳税人，按16%的税率开具，适用于较大规模的软件编程服务。需要提供购买方和销售方的详细信息，包括名称、纳税人识别号、地址电话等。
发票内容填写
发票抬头：填写软件编程服务提供方的名称、注册地址、统一社会信用代码等信息。
发票内容：明确注明是软件编程服务，可以包括项目名称、劳务费用、软件费用、硬件费用及其他附加费用等。
发票金额：包括服务费用和税金，需根据实际项目金额和税率计算。
发票申请与开具
发票申请：小规模纳税人需要向税务部门申请开具增值税普通发票的资格，提交相关申请材料。
发票开具：使用发票管理软件或金税盘进行发票开具，填写发票代码、发票号码、开票日期等信息，并计算开票金额和税额。
发票验真与保管
发票验真：向税务部门报送已开具的发票信息，确保发票真实有效。
发票保管：妥善保管开具的发票，按照法规规定的时限保存，避免损毁、丢失或被篡改。
特殊情况
如果公司属于一般纳税人，可以选择开具增值税专用发票进行交易，以享受进项税额的抵扣。
在具体操作过程中，建议与财务专业人士咨询，确保开票内容的合法性和规范性。
通过以上步骤，可以确保软件编程服务的发票开具符合税务规定，同时满足企业的财务和税务需求。