摩尔庄园手游的故事背景主要围绕一位年轻的农场主继承父亲留下的摩尔庄园展开。庄园原本状况堪忧，土地荒芜、建筑残破、牲畜干瘪，玩家需要发挥自己的才华，通过耕种土地、养殖动物、扩建农场等方式来振兴庄园。在游戏过程中，玩家会遇到各种突发事件和困难，需要与其他农场主合作，互相帮助，才能共同克服困难，使摩尔庄园重新焕发生机。
此外，游戏中还有一些神秘事件，例如一个神秘的黑影任务，玩家需要在地图中找到三个黄色光圈来解锁剧情。这个神秘的黑影实际上是新角色布偶鸟，其背后有神秘人操纵，偷走了摩尔庄园的圣器——自鸣钟。玩家可以在主线任务中找到线索密码表和RK的字条，最终找到自鸣钟。
摩尔庄园的历史背景也颇具故事性。据介绍，摩尔庄园最初起源于上万年前，一支鼹鼠种族发现了神秘的上古遗迹——时光圣殿。摩尔们得到了女神贝尔丹蒂的青睐，被赐予宝石“女神之泪”，并获得了新名字“摩尔”。经历了王国时代、黑龙降世、城堡时代、黑森林大火等一系列历史事件后，摩尔一族不断迁徙。在黑森林大火事件之后，关于魔法的典籍和资料被烧毁，新一代摩尔们逐渐遗忘了魔法。在菩提团长的带领下，幸存的摩尔难民逃离黑森林，到达一片美丽的平原，建立了新的家园。
总的来说，摩尔庄园手游的故事是一个以农场经营为主线，融合了神秘事件和历史背景的精彩冒险。玩家将在游戏中体验到摩尔们从苦难中崛起，重拾魔法，最终战胜邪恶势力的过程。