《瘟疫公司》手游从国服Apple Store下架的原因主要 可能与App Store新规有关。根据网络流传的信息，苹果商店新规要求付费或含内购游戏上架需要提供“批准文号”（版号），并且该规则的实施期限为6月30日。尽管《瘟疫公司》开发商Ndemic Creations的其他作品并未受到影响，但这一变化可能导致了《瘟疫公司》的下架。
此外，也有推测认为游戏下架可能与游戏的内容和名字有关。由于游戏名称和实际内容引发的争议，可能导致了下架处理。尽管官方并未明确说明下架原因，但这一推测有一定的合理性。
综上所述，可以得出结论：《瘟疫公司》手游从国服Apple Store下架，主要原因是 可能因App Store新规要求提供版号，以及游戏内容和名称可能引发的争议。