办理保健品经营许可证的流程如下：
名称预先核准
到当地政务中心或工商部门申请《名称预先核准通知书》，确定店名是否重复。
申请保健品经营许可证
到当地县区级的食品药品监督管理局申请《保健品经营许可证》。
办理个体工商户营业执照
取得《保健品经营许可证》后，在工商部门办理《个体工商户营业执照》，需提供身份证原件和复印件、店铺的房产证明文件、租赁合同原件和复印件、证件相片一张等。
申请税务登记证
取得营业执照30天内，到当地的地税、国税部门申请《税务登记证》。
准备其他相关材料
根据当地食品药品监督管理部门的要求，准备其他必要的材料，如企业证明、法人身份证明、经营场所资料、员工健康证明等。
提交申请
申请人可以通过北京市食品药品监督管理局网站或到所在区食品药品监督管理局及市食品药品监督管理局直属分局办事大厅提出申请。
受理与审查
窗口人员受理申请材料后，会公示应当提交的材料，一次性告知补正材料，依法受理或不予受理，并对申请材料进行审查，必要时还会组织审查组对申请人的资料和场所进行核查。
作出决定
相关部门会根据审查和核查的结果，作出行政许可或者不予行政许可决定。
送达许可证
如果准予许可，会制发送达许可证，在法定时限内将许可决定及相应证书送达申请人。
请注意，每个地区的办理时间以及流程可能会存在差异，具体的要以当地有关部门的要求为准。