公安部的机构设置主要包括以下几个方面：
驻部机构
中央纪委国家监委驻公安部纪检监察组。
公安部管理的国家局
国家移民管理局（国家出入境管理局）。
内设机构
政治安全保卫局
刑事侦查局
治安管理局（指导长江航运公安局）
防范和处理邪教犯罪工作局
反恐怖局
环境资源和食品药品犯罪侦查局
知识产权犯罪侦查局
禁毒局
经济犯罪侦查局（加挂证券犯罪侦查局牌子，并辖各分局）
交通管理局
网络安全保卫局
监所管理局
技术侦察局
督察审计局
法制局
情报指挥中心
特勤局
办公厅
研究室
国际合作局
警务保障局
装备财务局
科技信息化局
离退休干部局
政治部（新闻宣传局、公安部巡视办、人事训练局、人民公安报社、中国人民公安出版社、金盾影视文化中心）
直属公安局
公安部铁路公安局
中国民用航空局公安局
海关总署缉私局
直属事业单位
公安部物证鉴定中心
中国人民公安大学
中国人民警察大学
南京警察学院
中国刑事警察学院
郑州警察学院
公安部第一研究所
公安部第三研究所
这些机构共同构成了公安部的组织架构，负责全国公安工作的最高领导、指挥和具体业务实施。