施工单位工程结算流程通常包括以下几个步骤：
工程竣工验收合格
确保所有工程内容，包括总包、分包、材料设备等，均通过四方验收，并获得合格证书。
制作验收表格
对应合同制作表格，明确乙方完成的工程量增减情况，并由乙方、监理、甲方工程人员、预算人员签认。
及时进行工程结算
每项工程验收合格后，根据合同约定，乙方汇总整理所有结算资料，上报监理及甲方。
审核结算资料
监理负责审核结算资料的完整性，确保资料符合竣工资料验收要求，并将审核结果反馈给甲方和乙方。
预算审核
甲方的预算原则上由自己审核，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制，则由该公司负责审核，甲方预算及工程人员配合完成结算工作。
核对谈判
甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，解决重大分歧，并汇总上报各方主管领导。
签发结算意见
双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，并在结算书上签发书面意见。
结算付款申请
结算完成后，由乙方提出结算付款申请，甲方预算审核后，由甲方主管领导签发后交财务付款。
以上步骤反映了工程进度，并确保合同得到履行。需要注意的是，工程结算的具体流程可能因项目规模、合同条款、地区规定等因素有所不同。