农业合作社的做账流程主要包括以下几个步骤：
报关
按照税收法例，在进口商货和出口商品的过程中要求填写海关关税报关单。
会计核算
按照会计制度，以现金流、交易记账、会计核算等方式，将经济活动的各种现实资金过程进行登记、核算、汇总和报告。
包括编制总账、明细账、银行日记账、现金日记账，建立固定资产卡片，根据需要可以设置存货账簿等。
财务决策
应用会计核算的原则、规则和经验，通过对经济活动的状况和财务数据的分析，形成财务决策内容，以多种可能性来准确分析财务风险，并在不同财务状况下，根据经济合理性确定最佳财务策略，以达到增加财务收益的目的。
纳税管理
在支付税款的过程中按照国家财政和税收法律法规的要求，分析公司的收支情况，准确确定纳税依据，正确认定纳税税种，合理计算税款，以减少有关税款的缴纳，合理安排公司的收支经济活动，有效控制企业及个人税收负担，以确保缴纳税款的准确合规性。
货币结算
通过银行或其他支付机构，完成双方经济关系的结算，比如货币支付、账款互收，以及农业合作社财务资产的转移、再投资等。
财务报表编制
根据会计核算结果，按照《国家会计准则》的要求，编制的会计报表和财务报表。财务报表是企业财务管理的重要依据，它可以为农业合作社决策及管理提供可靠的信息。
审计
在做账过程中，还应当注意审计，确保账务清楚无误，使会计信息真实可靠。
收支登记与核算
将收入、支出等登记到账务凭证中，并将凭证中的信息登记到账务会计账簿上，以便进行账务核算。然后，将各种收入、支出进行统计核算，并计算出期末结存余额，以便编制报表。
原始凭证收集与审核
收集各类原始凭证，如发票、收据、出入库单、工资单等，并对原始凭证进行审核，确保其真实性、合法性和完整性。
记账凭证编制
根据审核后的原始凭证，编制记账凭证。记账凭证应准确记录经济业务的内容、金额和会计科目。
以上步骤构成了农业合作社做账的完整流程，确保合作社的财务活动合法、合规，并提供准确的财务信息以支持决策。