农村合作医疗（新农合）和医保（城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险）在多个方面存在区别：
投保对象
农村合作医疗：针对农村人口，必须以家庭为单位整户参加，只有农村户口的人才能够办理。
医保：针对城市居民及企业职工，分为居民医保和职工医保两种。城镇所有用人单位及其职工都要参加，包括国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等，以及机关、失业单位、社会团体、民办非企业单位等。
缴费标准
农村合作医疗：缴费标准每年固定，由农民个人缴纳，费用相对较低。
医保：缴费标准与个人工资和当地平均工资挂钩，由劳动者和用人单位共同缴纳，费用相对较高。
报销比例和范围
农村合作医疗：报销比例逐渐向医保报销比例靠近，但报销范围相对较窄，一些大医院门诊不能报销。
医保：报销比例较高，报销范围较广，包括住院费用报销、统筹病种门诊费用报销以及用于支付门诊医疗费的个人账户待遇。
强制性
农村合作医疗：农民自愿参加，没有强制性。
医保：对于用人单位来说具有强制性，必须为员工办理职工医保，并且缴纳一定年限后，员工可以享受终身医保待遇。
缴费方式
农村合作医疗：农民个人每年缴费，通过个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。
医保：由用人单位和职工共同缴纳，用人单位缴纳大部分，职工缴纳小部分。
待遇享受
农村合作医疗：主要是广覆盖，但保障相对较低，没有退休政策，终身需要缴费。
医保：包括城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险等，保障程度更高，达到退休年龄并满足一定缴费年限后，可以终身享受免费医保待遇。
这些区别可能会因地区和政策的不同而有所变化。建议在选择医疗保险时，了解当地的具体政策和规定，以便选择最适合自己的医疗保障方式。