小程序的资质文件根据不同的行业和类目有所不同，但通常包括以下几类：
基本资质
营业执照：无论是企业还是个体工商户，都需要提供合法有效的营业执照，且营业执照的经营范围应包含小程序所涉及的业务。
组织机构代码证：企业需要提供组织机构代码证，以证明其合法性和唯一性。
税务登记证：企业需要提供税务登记证，表明已依法进行税务登记。
银行账户和结算协议：注册微信支付等需要提供银行账户和结算协议。
安全保障资质：如网络安全等级保护认证等，以证明小程序的安全性。
特殊资质
某些行业需要特定的资质，如医疗行业的《医疗机构执业许可证》和《事业单位法人证书》，食品行业的食品经营许可证等。
金融服务行业的《金融许可证》、《金融机构许可证》等。
某些类目如教育、政务民生、互联网医院等需要提供特定的资质文件，如教育行业的审批设立证明或《事业单位法人证书》，政务民生类目需要提供《组织机构代码证》或《统一社会信用代码证》等。
其他相关资质
知识产权证明：如商标注册证、专利证书等，以加强知识产权保护。
售后服务承诺书：明确退换货政策、客户服务热线等，提升用户体验。
互联网信息服务许可证、网络文化经营许可证等，涉及互联网信息服务的需要提供。
行业特定资质
根据小程序的具体业务类型，如视频、音乐、小说、新闻、FM/电台等，需要提供相应的许可证或资质文件，如《信息网络传播视听节目许可证》、《网络文化经营许可证》、《互联网新闻信息服务许可证》等。
身份认证和管理员资质
小程序管理员需要在微信公众平台上注册账号并进行身份验证，提供身份证、手机号码等信息。
综上所述，申请小程序时，需要根据具体的业务类型和类目准备相应的资质文件，以确保小程序的合法性和合规性。建议详细查阅微信小程序的官方指南或咨询相关专业人士，以确保准备齐全所有必要的资质文件。