立案侦查的程序主要包括以下几个步骤：
接受材料
公安机关、人民检察院或人民法院接受报案、控告、举报和自首的材料。
对于不属于自己管辖的案件，应当移送主管机关处理，并通知报案人、控告人、举报人。
审查材料
对已经接受的材料进行核对，确定是否符合立案条件。
审查事实和证据，判断是否应当追究刑事责任。
处理
如果认为有犯罪事实，需要追究刑事责任，并且属于受案机关的管辖范围，则予以立案。
如果认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任，则不予立案，并通知控告人。
对于需要立案的案件，承办人员填写《立案报告表》，制作《立案请示报告》，经本机关或部门负责人审批后，制作《立案决定书》。
侦查
立案后，公安机关进行侦查，全面、客观地收集、调取犯罪嫌疑人有罪或无罪、罪轻或罪重的证据材料。
侦查过程中可以采取询问犯罪嫌疑人、证人、被害人，勘验、勘查、查验，搜查、查封、扣押、冻结，鉴定，技术侦查，辨认，通缉等手段。
移送起诉
侦查终结后，公安机关将案件移送人民检察院审查决定是否起诉。
补充侦查
如果证据不足，可以退回公安机关补充侦查。
整个立案侦查过程必须严格依照《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律法规进行，确保公正、合法、及时地处理刑事案件。