程序性违法建筑是指 建筑物本身并未违反城市规划，但在建设过程中存在程序瑕疵。具体来说，程序性违法建筑可能包括以下几种情况：
未申请或获得必要的建设工程规划许可证：
建筑位置和布局均符合规划要求，但建设方未按照规定申请或获得必要的许可证。
未办理规划建设审批：
建筑虽然不违反城乡规划，但由于未办理相关的规划建设审批手续，被认定为程序性违法建筑。
对于程序性违法建筑，通常的处理方式包括：
限期改正：
要求建设方在规定的期限内补办相关手续，使建筑合法化。
罚款：
在补办手续的同时，建设方可能需要支付一定金额的罚款。
补办相关行政许可手续：
建设方需要补办建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等必要手续。
需要注意的是，程序性违法建筑与实体性违法建筑不同，后者是指建筑本身违反了城乡规划，如占用耕地、超出规划范围等。对于实体性违法建筑，通常需要依法进行拆除。
综上所述，程序性违法建筑主要是由于建设过程中未遵循必要的法律程序而导致的，通过补办手续等方式可以使其合法化。