台湾同性婚姻的合法程序如下：
双方都是台湾人
双方可以直接携带证件到户籍所在地的民政局办理结婚登记。
一方是台湾人，另一方不是
大陆居民需要先在台湾驻大陆机构（如海基会）办理公证，并获得团聚证。
获得团聚证后，大陆居民需携带所有相关证件（包括公证过的结婚证）进入台湾。
进入台湾后，再前往台湾户籍所在地的民政局办理结婚登记。
双方均无台湾户籍
目前规定下，无台湾户籍的大陆居民无法在台湾办理结婚登记。
注意事项：
办理结婚证时，双方需携带身份证、户口簿、无配偶及无血亲关系的签字声明，以及婚前检查报告。
结婚证在大陆地区不受承认，也没有相关法律法规保护，因此需做好心理准备。
整个流程办理下来，最快需要3个月，最慢半年左右，费用大约在1000元以内，主要包括公证费和邮寄费。
建议：
如果双方都是台湾人，建议直接前往户籍所在地的民政局办理结婚登记，手续相对简单。
如果涉及大陆居民，建议提前了解并准备好所有相关证件，并考虑通过海基会等官方渠道进行公证和办理团聚证，以确保流程顺利进行。