主管部门审批程序通常包括以下几个步骤：
提交申请
申请人需向相关主管部门提交审批申请，并附上必要的材料。
前置审批
主管部门对申请进行前置审批，确认申请是否符合相关法律法规和政策要求。
审批决定
主管部门根据申请材料和前置审批结果，作出审批决定。审批决定可能包括批准、核准、备案等不同形式。
证书出具
审批通过后，主管部门会出具相应的审批证书或文件，作为后续手续的依据。
备案手续
申请人凭审批通过的合同或证书，到所在地相关部门办理备案手续。
以加工贸易合同审批为例，其具体流程为：
1. 向商务主管部门申请办理合同审批手续。
2. 商务主管部门对申请作出前置审批。
3. 经审批后，凭商务主管部门审批同意的加工贸易合同、审批出具的证书等，到所在地海关办理加工贸易合同备案手续。
建议在实际操作中，申请人应详细查阅相关法律法规和指南，确保按照规定的流程和要求进行申请和审批，以提高审批效率并避免不必要的延误。